Ritenuto intermediario fra il governo di Zagabria (di cui ricopriva l'incarico di ministro della Difesa) e quello della Bosnia Erzegovina (di cui era comandante dell'esercito) Praljak è ritenuto, tra l'altro, responsabile per i crimini di Mostar: il ponte vecchio della città bosniaca di Mostar fu bombardato dall'esercito croato l'8 novembre 1993 e crollò il giorno successivo creando - secondo il tribunale penale internazionale - "un danno sproporzionato alla popolazione civile musulmana di Mostar".